【软件安装】NVIDIA 5080 Ubuntu 服务器的 Amber24 + AmberTools25 的构建、编译与安装

[软件安装] Amber24 + AmberTools25 的构建、编译与安装

• 一、下载 Amber24 和 AmberTools25 的源码包并解压
• • 1.1 下载源码包
  • 1.2 解压之前的检查
  • 1.3 解压源码包
• 二、下载前置软件
• • 2.1 安装 NVIDIA 驱动
  • 2.2 安装 CUDA Toolkit
  • 2.3 安装 Anaconda3 软件
• 三、Amber24 和 AmberTools25 的前置工作
• • 3.1 安装 Amber24 和 AmberTools25 必要的包
  • 3.2 对安装包进行更新
  • 3.3 配置安装包中的 Miniconda 文件
• 四、配置 Amber24 的编译选项
• • 4.1 安装默认版本
  • 4.2 安装 CPU 并行版本
  • 4.3 安装 CUDA 加速版本
  • 4.4 安装 CUDA 加速的并行版本
• 五、构建、编译并安装 Amber24
• 六、配置 AmberTools25 的编译选项
• 七、参考

本文介绍了如何在搭载 NVIDIA 5080 的 Ubuntu 24.04.3 服务器下安装 Amber24 + AmberTools25 的不同版本，具体操作方法如下：

一、下载 Amber24 和 AmberTools25 的源码包并解压

1.1 下载源码包

点击此链接下载 Amber24 + AmberTools25 的源码包 (密码：YYDS)

1.2 解压之前的检查

在终端输入以下代码，对源码包进行检查：

md5sum pmemd24.tar.bz2
md5sum ambertools25.tar.bz2

与Amber官网给出的值进行对比：

1.3 解压源码包

在终端输入以下命令解压两个源码包：

tar xvf pmemd24.tar.bz2
tar xvf ambertools25.tar.bz2

二、下载前置软件

2.1 安装 NVIDIA 驱动

检查计算机中是否识别出了 NVIDIA 的显卡：

lspci | grep -i nvidia

查看可以安装的驱动版本：

ubuntu-drivers devices

安装 NVIDIA 驱动：

方法1：安装指定的版本

sudo apt install nvidia-driver-XXX # XXX 为图中的版本号

方法2：系统自动识别并安装合适版本 (本文选择了这种安装方式)

sudo ubuntu-drivers autoinstall

如果没有提示报错，那么则安装完成，接下来重启计算机

在终端输入 nvidia-smi 出现下面的界面则视为安装成功：

2.2 安装 CUDA Toolkit

ambertools25_src 中 camke 下属的 CudaConfig.cmake 写明了使用 CUDA 的版本规定：

根据上述的文件可以看出 50 系列的 Nvidia 显卡需要的 CUDA 为 12.8 版本

再根据 nvidia-smi 可知，当前支持的 CUDA 最高版本为 13.0，本文选择下载 12.8 版本的 CUDA

在 NVIDIA 官网选择 12.8.1 版本：

根据下面图片进行选择：

在终端输入以下代码下载 CUDA 12.8.1 的安装包：

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/12.8.1/local_installers/cuda_12.8.1_570.124.06_linux.run

在终端输入以下代码安装：

# 本条命令请在 root 用户下运行
sudo sh cuda_12.8.1_570.124.06_linux.run

因为前面安装过了 NVIDIA 驱动，所以选择 Continue

输入 accept 继续：

因为之前安装过了 NVIDIA 驱动，所以取消选择 Driver (空格取消选择)，然后选择 Install 安装：

安装完成后接下来在终端输入以下代码配置环境变量：

vim ~/.bashrc

将下面的代码加在 .bashrc 文件的末尾：

# CUDA